11式RPG制作機には、サンプルデータが収録されています。
自作RPGを制作する際は、まずこのサンプルデータを修正する形でスクリプトや素材の扱いに慣れて行きましょう。ゲーム中の「保存」機能をうまく活用すると、イベントを書き換えたときの挙動を見やすくなると思います。
サンプルには、色々なテキストファイルが含まれていますが、まずは同梱の解説書でそれぞれのファイルの意味を把握してください。概要が把握できたら、サンプルの素材（マップチップ画像やモンスター画像など）を使用し、自作のマップや敵データを作ってみましょう。
11式RPG制作機の素材データは、フリー素材として自由に自作RPG制作などにご利用いただけます。他のフリー素材や自作画像を使用される際は、マップのチップサイズとチップ数（マップチップ画像は8*8=64個の地形チップを配置する形にする必要があります）を調整してください。
シナリオとなるスクリプトの書法は単純な形式なので、一通り説明書とサンプルをご確認いただければ把握できると思います。とりあえず自作のマップを作成し、マップ上を移動できるようになったら、スクリプトで適当なキャラクタに「こんにちは」とでも会話させるイベントを作ってみましょう。
マップエディタなどの制作ツール類がないので、すべて手書きになってしまうのが少し辛いところですかね。マップエディタについては、フリーソフトがいくつかあるので、そうしたフリーソフトでデータを作成した上で、11式RPG制作機のデータ形式に変換してもよいかもしれません。
戦闘シーンにおける敵の行動パターンは、スクリプトで設定します。まずは単純に「攻撃」するだけの形にしてみましょう。ダメージ計算式と敵の攻撃力設定を調整しながら、「主人公の強さと敵の能力」のバランスを調整してください。
Webゲームの場合は、比較的短いプレイ時間でクリアできるようにした方が良いでしょう。敵の経験値を多めにすると、「どんどん強くなっていく」RPG特有の爽快感を演出できます。
ボスキャラの行動パターンは、自分のHPを確認して危なくなったら回復魔法を使うようにするなど「意思」というか「賢さ」を感じられるものにするのも良いかもしれません。
なお、戦闘シーンで自分のHPが0になっても自動的にゲームオーバーにはなりません。HPが0になるなど戦闘が終了すると戦闘イベントが結果に応じた値を返すので、その値を確認した上でゲームオーバーにするか、特定のイベントへ進むか、設定してください。